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醫(yī)療大數(shù)據(jù)平臺的規(guī)劃、處理和分析框架,以及臨床大數(shù)據(jù)平臺的具體場景!

發(fā)布時間:2023-12-05 來源: 健瀾科技 瀏覽量: 字號:【加大】【減小】 手機(jī)上觀看

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  近年來,在電子病歷應(yīng)用水平評級要求以及醫(yī)院在不同業(yè)務(wù)間實(shí)現(xiàn)協(xié)同等多種因素的推動下,集成平臺成為各大型醫(yī)院信息化建設(shè)中重點(diǎn)的項(xiàng)目。

    “醫(yī)療信息系統(tǒng)集成”并不是一個全新的詞匯,早在十幾年前就已經(jīng)在醫(yī)院信息化的浪潮中初露端倪,也有一些敢于“吃螃蟹”的醫(yī)院開始嘗試建設(shè)自己的集成平臺。這些年,在國家衛(wèi)健委的互聯(lián)互通標(biāo)準(zhǔn)化測評推動下,集成平臺作為參評的“必要條件”進(jìn)入眾多醫(yī)院信息化建設(shè)的優(yōu)先發(fā)展名單,經(jīng)過了行業(yè)化的不斷論證和實(shí)踐,取得了飛躍式的發(fā)展。

   對于集成平臺,很多HIT行業(yè)領(lǐng)域的專家人士都有精辟獨(dú)到的見解。本系列文章會從我們公司集成平臺的建設(shè)、過程、經(jīng)驗(yàn)、應(yīng)用、成果等五個部分展開,向大家分享我院一路走來的集成平臺實(shí)踐經(jīng)驗(yàn),希望能夠?yàn)楦噌t(yī)院信息化同仁提供借鑒和些許參考。

   本文將圍繞醫(yī)院集成平臺的資源需求以及其對 IT 基礎(chǔ)架構(gòu)的要求展開討論,并給出基于超融合架構(gòu)的方案配置參考與傳統(tǒng)架構(gòu)的對比分析。

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圖:集成平臺總體架構(gòu)圖

集成平臺在醫(yī)院信息化中承擔(dān)的角色

隨著醫(yī)院信息化建設(shè)的不斷完善,醫(yī)院逐步上線了 HIS、EMR、PACS、LIS 等多個業(yè)務(wù)系統(tǒng)。

   由于這些業(yè)務(wù)系統(tǒng)由不同廠家開發(fā),各個系統(tǒng)擁有不同的操作系統(tǒng)、數(shù)據(jù)庫,進(jìn)而導(dǎo)致不同業(yè)務(wù)系統(tǒng)之間需求調(diào)用復(fù)雜、接口數(shù)量多且無統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)、數(shù)據(jù)交互效率低下、維護(hù)困難等問題。

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集成平臺的重要性在于,其不僅能夠在各個系統(tǒng)之間實(shí)現(xiàn)統(tǒng)一集成和交互,同時為數(shù)據(jù)集成提供了可能。

通過將各個系統(tǒng)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)集中存儲并重新組織形成醫(yī)院的數(shù)據(jù)倉庫,集成平臺為下一步數(shù)據(jù)分析創(chuàng)造條件,即充分挖掘數(shù)據(jù)價值進(jìn)而形成一系列數(shù)字化應(yīng)用支撐智能化決策,幫助醫(yī)院實(shí)現(xiàn)真正數(shù)字化轉(zhuǎn)型??梢哉f,集成平臺是醫(yī)院數(shù)字化轉(zhuǎn)型的重要基礎(chǔ)。

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在部署集成平臺時,醫(yī)院需要清晰了解集成平臺的架構(gòu),從平臺的實(shí)際需求出發(fā),并結(jié)合醫(yī)院資源池建設(shè)的整體規(guī)劃,為集成平臺選擇合適的基礎(chǔ)架構(gòu)。

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集成平臺架構(gòu)簡介

醫(yī)院集成平臺的實(shí)現(xiàn)方案有很多種,早期以接口調(diào)用集成方案為主,但這種方案集成效率較低,后期逐漸轉(zhuǎn)向企業(yè)服務(wù)總線(ESB)為主要框架。

ESB 優(yōu)勢

  • 可根據(jù)客戶的請求和事件提供路由,數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換、翻譯等服務(wù)。

  • 具有快速、并行的消息處理能力。

ESB 劣勢

  • 無法保證消息或服務(wù)請求的順序,而醫(yī)院業(yè)務(wù)之間調(diào)用大多有嚴(yán)格處理順序要求。

  • 不支持國際醫(yī)療標(biāo)準(zhǔn),不利于醫(yī)療數(shù)據(jù)上報、醫(yī)療機(jī)構(gòu)之間的數(shù)據(jù)交互。

ESB 引入消息隊(duì)列軟件處理服務(wù)請求順序的問題、改造 ESB 支持醫(yī)療標(biāo)準(zhǔn)協(xié)議等方案雖然在一定程度上實(shí)現(xiàn)了 ESB 的優(yōu)化,但存在方案極其復(fù)雜,開發(fā)難度過大,成本過高等問題,可見在集成平臺建設(shè)中,單憑 ESB 軟件是無法完全滿足業(yè)務(wù)的需求。

經(jīng)過多年的發(fā)展與試錯,醫(yī)院集成平臺逐步形成了以 ESB(企業(yè)服務(wù)總線)、IE(集成引擎)、ETL 工具三種技術(shù)組合而成的搭建方案。

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如上圖所示,集成平臺的集成工作主要包括兩個部分:應(yīng)用集成和數(shù)據(jù)集成。

應(yīng)用集成

應(yīng)用集成主要實(shí)現(xiàn)各個業(yè)務(wù)系統(tǒng)之間的請求和調(diào)用,由 ESB 和 IE(集成引擎)兩部分組成;其中 ESB 負(fù)責(zé)同步數(shù)據(jù)處理操作,IE 集成引擎負(fù)責(zé)異步數(shù)據(jù)處理。

  • ESB 充分發(fā)揮并行處理優(yōu)勢,實(shí)時、高效地處理系統(tǒng)之間的請求。

  • IE 集成引擎支持以 HL7、CDA 等國際醫(yī)療標(biāo)準(zhǔn)協(xié)議交互,提供消息異步處理機(jī)制,解決重視次序的服務(wù)調(diào)用需求。

國內(nèi)集成平臺常用的集成引擎方案如下表所示??梢钥闯觯瑖鴥?nèi)的集成平臺廠商大多采用國外成熟的 ESB 企業(yè)服務(wù)總線產(chǎn)品/集成引擎產(chǎn)品。

常見 ESB/集成引擎 產(chǎn)品的系統(tǒng)要求和數(shù)據(jù)庫支持情況如下:

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數(shù)據(jù)集成

數(shù)據(jù)集成主要任務(wù)是將醫(yī)院各個系統(tǒng)所產(chǎn)生的數(shù)據(jù)集中,清洗,并以新的組織結(jié)構(gòu)進(jìn)行存儲,形成醫(yī)院數(shù)據(jù)倉庫,以便后續(xù)對數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,挖掘和利用。

ETL 工具

ETL 是 extract-transform-load 三個數(shù)據(jù)處理過程的縮寫:

  • 數(shù)據(jù)抽取(Extract):連接各個業(yè)務(wù)系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫,抽取數(shù)據(jù)庫日志和事務(wù)數(shù)據(jù)。

  • 數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換(Transform):抽取數(shù)據(jù)后,對數(shù)據(jù)進(jìn)行驗(yàn)證、清洗、根據(jù)規(guī)則執(zhí)行轉(zhuǎn)換。

  • 數(shù)據(jù)加載(Load):將處理好的數(shù)據(jù)加載到目標(biāo)數(shù)據(jù)庫。

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理論上, ETL 工具可從生產(chǎn)業(yè)務(wù)系統(tǒng)的數(shù)據(jù)庫直接抽取數(shù)據(jù)并轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù),但這種方式會對生產(chǎn)數(shù)據(jù)庫帶來較大壓力,直接影響業(yè)務(wù)系統(tǒng)響應(yīng)速度。為了解決這個問題, ETL 過程會先將數(shù)據(jù)完封不動地抽取到中間數(shù)據(jù)庫(臨時庫),數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換、數(shù)據(jù)加載都會發(fā)生在臨時庫中,以最大程度上降低對生產(chǎn)數(shù)據(jù)庫的影響。

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集成平臺對基礎(chǔ)架構(gòu)帶來的需求變化

量體裁衣,平臺運(yùn)行環(huán)境和架構(gòu)是什么?

     集成平臺運(yùn)行在vSphere虛擬化集群環(huán)境,虛擬化集群由6臺X86架構(gòu)的華為RH5885服務(wù)器和一套CHANGHONG CNX400 2存儲組成。邏輯主機(jī)的配置為windows server 2008 R2 64位,64G內(nèi)存,E7-4830四核四處理器,500G的磁盤空間。常態(tài)情況的CPU利用率為20%,內(nèi)存平均利用率為70%左右。從硬件運(yùn)行環(huán)境而言,集成平臺不需要非常高的硬件配置,其對內(nèi)存消耗比較大,主要是緩存線程的使用。

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圖:集成平臺服務(wù)器內(nèi)存使用率

集成平臺的核心技術(shù)架構(gòu)是ESB(Enterprise Service Bus的簡稱,中文翻譯為企業(yè)服務(wù)總線)。在這里,我們把企業(yè)服務(wù)總線在醫(yī)療衛(wèi)生行業(yè)內(nèi)特定的實(shí)現(xiàn)稱之HSB(健康服務(wù)總線,Health Service Bus),這些特定的實(shí)現(xiàn)包括了醫(yī)療行業(yè)特殊的協(xié)議和標(biāo)準(zhǔn),例如:信息交換標(biāo)準(zhǔn)HL7,醫(yī)學(xué)數(shù)字成像和通信標(biāo)準(zhǔn)DICOM等。

我司集成平臺采用基于電子病歷的醫(yī)院信息平臺進(jìn)行各系統(tǒng)間的業(yè)務(wù)及數(shù)據(jù)集成,主要通過服務(wù)總線(DHC-ESB)完成系統(tǒng)間的業(yè)務(wù)協(xié)同,通過主數(shù)據(jù)管理(DHC-MDM)完成數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)的管理,通過臨床數(shù)據(jù)中心(CDR)完成數(shù)據(jù)的整合。

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圖:集成平臺總體架構(gòu)圖

我院集成平臺的內(nèi)部架構(gòu)采用的是InterSystems Ensemble,HSB是其運(yùn)行的邏輯架構(gòu),InterSystems Ensemble平臺的內(nèi)部架構(gòu)如圖所示:

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圖:Ensemble平臺的內(nèi)部架構(gòu)

Ensemble的內(nèi)部架構(gòu)由三個主要的構(gòu)件組成,分別是:BS、BP、BO。

業(yè)務(wù)服務(wù)(BusinessService)簡稱BS,是Ensemble中所有外部請求/外部數(shù)據(jù)的入口。Ensemble中內(nèi)置了多種常用的導(dǎo)入型適配器供開發(fā)人員在BS中直接使用,其中包括并不限于SOAP、SQL、HTTP、File、FTP、HL7等。

業(yè)務(wù)流程(BusinessProcess)簡稱BP,是Ensemble中的業(yè)務(wù)處理模塊,在BP中可以實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換、數(shù)值對照以及根據(jù)規(guī)則引擎做出的消息分發(fā)等功能,BP是Ensemble的中樞,由各種不同類型BS進(jìn)入的數(shù)據(jù),經(jīng)過BP的處理,最終通過各種不同類型的BO流出Ensemble。

業(yè)務(wù)操作(BusinessOperation)簡稱BO,是Ensemble對外發(fā)送請求或數(shù)據(jù)的出口,Ensemble中內(nèi)置了多種常用的導(dǎo)出型適配器(OutboundAdapter)供開發(fā)人員在BO中直接使用,其中包括并不限于SOAP、SQL、HTTP、File、FTP、HL7等。

通過打開Ensemble的消息路徑圖,我們可以監(jiān)測每一條消息的運(yùn)行狀態(tài)和路徑,通過此圖,我們可以一目了然的看到消息是如何在平臺內(nèi)部運(yùn)行的。

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圖:Ensemble的消息路徑圖

3.集成平臺能做什么?

集成平臺基于SOA(Service-Oriented Architecture,面向服務(wù)的架構(gòu)),無侵入式設(shè)計(jì),不改變現(xiàn)有信息系統(tǒng)的運(yùn)行,由集成平臺完成各類業(yè)務(wù)數(shù)據(jù)的采集、轉(zhuǎn)發(fā)、解析、存儲和使用管理。集成平臺管理層提供業(yè)務(wù)日志、事件日志、業(yè)務(wù)規(guī)則日志、端到端的消息跟蹤業(yè)務(wù)監(jiān)控功能,實(shí)現(xiàn)在開發(fā)階段的有效調(diào)試以及運(yùn)行期間的故障診斷分析,利用集成平臺的故障可追溯機(jī)制,管理員可快速定位導(dǎo)致異常的環(huán)節(jié)。

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圖:標(biāo)準(zhǔn)字典維護(hù)模塊

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圖:基于HL7的標(biāo)準(zhǔn)文檔CDA

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圖:消息日志

通過集成平臺,其他業(yè)務(wù)系統(tǒng)可以很容易的對接到集成平臺的業(yè)務(wù)流程中來,通過集成平臺的數(shù)據(jù)集成和業(yè)務(wù)集成,各個系統(tǒng)繼承已有的數(shù)據(jù)和服務(wù),降低了各個子系統(tǒng)之間的高耦合性。

4.集成平臺是如何實(shí)現(xiàn)業(yè)務(wù)互通的?

集成平臺通過Ensemble的“注冊-發(fā)布-訪問”機(jī)制對醫(yī)院信息平臺各種共享服務(wù)資源進(jìn)行注冊與發(fā)布,從而實(shí)現(xiàn)服務(wù)資源共享及粗粒度應(yīng)用服務(wù)之間的互操作。其核心是建立基于消息引擎的院內(nèi)集成平臺服務(wù)總線(HSB),通過基于SOAP(Simple Object Access Protocol,簡單對象訪問協(xié)議)的WebServices、HL7消息等將各系統(tǒng)與業(yè)務(wù)系統(tǒng)(HIS、EMR、PACS等)對接,并實(shí)現(xiàn)患者就醫(yī)流程的閉環(huán)處理。第三方系統(tǒng)通過集成平臺獲取所需信息并將回傳信息返回給集成平臺。

當(dāng)某個業(yè)務(wù)需要某個應(yīng)用程序?qū)?shù)據(jù)發(fā)送給另一個方應(yīng)用時,由該程序向平臺發(fā)送一個消息,經(jīng)過平臺對消息進(jìn)行接收和處理(BS中定義),按照平臺預(yù)先設(shè)計(jì)好的消息流程(BP中定義),調(diào)用目標(biāo)系統(tǒng)的服務(wù),通過此服務(wù)將消息內(nèi)容寫入目標(biāo)業(yè)務(wù)系統(tǒng)中。在此過程中,業(yè)務(wù)系統(tǒng)不需要考慮目標(biāo)系統(tǒng)的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)是否與自己一致,也不需要鏈接對方的數(shù)據(jù)庫(比如采用視圖,存儲過程的方式調(diào)用目標(biāo)系統(tǒng))。只需要將消息發(fā)送給平臺,再由平臺完成后續(xù)的流程。平臺的BO能通過輸出適配器,API,或者其他方式來訪問Ensemble外部應(yīng)用。

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圖:集成平臺內(nèi)部業(yè)務(wù)流程處理

5.集成平臺的主要作用

總體而言,集成平臺主要解決了以下幾個問題:

第一:兼容多個異構(gòu)系統(tǒng),并快速進(jìn)行對接,使各個業(yè)務(wù)系統(tǒng)之間的數(shù)據(jù)可以交互。

第二:通過平臺交互,統(tǒng)一患者就診檔案。

第三:以集成平臺為基礎(chǔ),可逐步建立區(qū)域級的信息平臺,從而使發(fā)展區(qū)域醫(yī)療,集團(tuán)化醫(yī)院有了技術(shù)上的保證。

第四:同時,能夠采集海量的臨床數(shù)據(jù),為醫(yī)院的教學(xué)科研工作奠定基礎(chǔ)。


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